車輪を発明する

ファーマコメトリクス・モデリング研究所

Monolix

久しぶりの Monolix そして Simulx

Simulx の使い方が「ストン」と理解できたと思う。 Population と Individual の概念 eta, eps の入り方 Replicates と # of patients の違い Covariate, Regressor, Treatment の使い方。ID の使い方 この辺が理解できれば自由自在に使いこなせるはずだ。 …

これは発見(の端緒)か?

面白い結果が出てきた。モデル解析を駆使して、こういう隠れていた現象をすくい上げることができるととてもうれしい。

好中球が下がらない(計算値で)

どうしてこのレジメンだけ、計算値が下がってくれないのだろうか。不思議だ。

デスクトップ PC を導入しました

EPSON Endeavor のデスクトップを中古で購入しました。自宅用です。有線で LAN につなぎます。 安定していてよいですね。 数年前の i7 ですけれどこれで十分だ。 NONMEM, Phoenix, Monolix をインストールした。MATLAB も入れようかな。

-2LL とか AIC とか BIC とか

Monolix で計算したこれらの値がどうも安定しない。乱数を使った計算なのだからブレがあるのは当然だとしても、それにしてもそのブレ幅が大きすぎる。モデルがそもそも安定していないということなのだろうか。 シンプルな PPK model で試してみたところ、ち…

今日は shiny

今日は mlxR ライブラリの shinymlx() を使って shiny app を作った。Shiny って自分で書くのはとても面倒であまりやりたくなかったのだが、shinymlx を使うととても楽ちんだ。しかし、その分、自分なりのカスタマイズができない、のか、やり方がわからない…

Simulate IT !

Monolix を使ってのシミュレーションをした。正確には、simulx ライブラリを使っている。やり方がだいぶわかってきた。しかし、これは、R のスキルが相当必要ですよ。気楽に人に薦められない。

Monolix の自動運転

Sycomore を使って共変量モデル探索のための 20 models を一括自動進行してみます。楽ちんだなあ。基本的にテキストファイル(とフォルダ)を編集しているだけだから、ソフトが軽い。これがストレスを低くしている最大の要因だ。

今日はお留守番、そして Monolix

Monolix の理解がかなり進みました。SAEM の動きはまだ理解し切れていないけれど。 また、ある一つのパラメータだけ SE が計算されない、ってことがあるんですね。不思議だなあ。勉強しなければ。

Monolix

Monolix で本格的なモデル解析を始めることになりました。計算がかなり速いことに驚いています。EM 同士で比較しても他のソフトより速いなあ。なぜだろう。 細かいシミュレーションをすると起動するか、とか、VPC の微調整をしたい、とかいくつか課題はあり…