車輪を発明する

ファーマコメトリクス・モデリング研究所

2020-04-01から1ヶ月間の記事一覧

PPK の MCMC

なんとかできた。ある一つのブレークスルーの後で、あっさりできた。 eta のサンプリングが難しいなあ。数が多いことも一因である。

MCMC

また取り組みを始めました。週末プログラマーが目標です。

プログラムの確認は大事、という話

一人で解析をしていて、QC をする(してくれる)相手がいない。自分で工夫するしかない。少し時間を置いてから見直すのもよい方法だ。少し時間を置いてから間違いが見つかると大惨事だけどね。

MCMC の本

こんな本を買ってみた。じっくり読んでみようと思う。やさしいMCMC入門: 有限マルコフ連鎖とアルゴリズム作者:H¨aggstr¨om,Olle発売日: 2017/05/09メディア: 単行本

原稿

自分のいい加減さがあらわになって実に恥ずかしい。情けない。 「こんなもんでいいだろう」という適当な態度は猛省すべきです。 後で苦しむだけだ(というか、まさに今)。

断念。TTE by SIR

昨日の今日でなんですが、断念しました。 CPU パワーの問題ではなく、sample 発生のために必要となる「解析用データセット」が巨大になってしまう。例えば、 回シミュレーションしようとするならば、元のデータセットをその回数分積み重ねる必要がある。実際…

TTE を SIR で

遊びのようなものだけれども、少しずつ始めることにした。 CPU パワーが必要だなあ。AWS は今混んでる。

Bayes の勉強(息抜き)

見えないものをさぐる―それがベイズ: ツールによる実践ベイズ統計作者:藤田一弥発売日: 2015/11/28メディア: 単行本(ソフトカバー)結構おもしろい。 TDM での(経験)ベイズの例がいきなり出てきて驚いた。「医薬品の薬物動態試験について」の通知 (H13.6)…

ggplot

R

集中して取り組んでいるとあっという間に時間が過ぎる。いくらでもきれいなグラフ(大袈裟)が作れてしまう。 アウトプットは大事なのだ、と言い訳しながら作業していた。棒グラフを負の方向に作成して、経時推移のグラフを組み合わせる、というのが今日最大…

ROC 曲線の信頼区間

ROC AUC の信頼区間 (SE) と言ってもいい。 Bootstrap で計算するのが一番手軽なのだろう。 とは言っても、曲線を 1000 本用意して、それを用いて単純に区間を求める、というわけにはいかないのだ。Bootstrap sample から推定した個々の ROC 曲線の x の値が…

個体間変動パラメータの事後分布を SIR で計算しました

MCMC がまだ使えないので、SIR を使ってみた。SIR は初めて使ったのですが、あっさり計算できました。 個体間変動パラメータの事前分布はシンプルだから計算しやすいです。実に簡単にプログラムできた。元のサンプル数を 4000 個、resample を (≧20 がいいと…

今日は、サンプリング/重点リサンプリング

link.springer.comFull Bayes 計算(のシミュレーション)の際にはこの方法を reference とおくのがやりやすいのかなあ。↓ ではそう扱っていた。https://ascpt.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/psp4.12492