車輪を発明する

ファーマコメトリクス・モデリング研究所

2020-01-01から1年間の記事一覧

予演会(一回目)

勉強したかいあったと思う。まだまだ足りないところはあるけれども、しかし、ボロボロではなかったので安心できた。 しかし油断はしてはいけない。 人事を尽くして天命を待つ、ところまでいかねばならない。そこまで人事をつくさねばならない。

デスクトップ PC を導入しました

EPSON Endeavor のデスクトップを中古で購入しました。自宅用です。有線で LAN につなぎます。 安定していてよいですね。 数年前の i7 ですけれどこれで十分だ。 NONMEM, Phoenix, Monolix をインストールした。MATLAB も入れようかな。

AWS に NONMEM を

ひさしぶりに NONMEM を使う。そのために、これも久しぶりに自分の AWS を起動する。 ディスクがほとんど空いてない。だから、何もかもが遅い。Windows update さえも動かない。20 G 増設した。もともと 30 G しかなかったからな。そりゃあ無理ですよ。

日程が決まりました。

年明け早々 1/7 (Thu) になりました。どうせ年末年始はどこに行く予定もないので、勉強三昧です。

今日もまたミスをした

正確には、それを指摘された。以前からずっと気になっていたこと。しかしそれを私は結果として放置していた。言い訳の余地はない。放置したのが悪い。

原稿着手

ファーマコメトリクスについて、精神系のテーマで書きます。 対象は臨床医だから入門的に、わかりやすく。難しいことは書かない。でも、「所詮計算でしょ?」ではない印象を持っていただくために工夫をしたい。

役員降ろされた

つらいもんだね。降格ってのは。 まあいいや。手伝わなくていい、と考えよう。徐々に手を引いていけばいい。企画にも一切関わらない。

Free 体濃度での PPK 解析

本格的に free 体濃度での解析をするのは初めての経験だと思う。 いい結果が出ればいいなあ。

有線 LAN 接続

昨夕から有線 LAN 接続しています。快適です。見えない安心感がある。USB 大活躍だなあ。

CPT:PSP accepted!

無事(ほぼ)通った! うれしい。 4 月以降で seconde がこれで 3 本目、first が 1 本。

薬学会

来年 3 月の薬学会に一般演題で発表することになり、 (再)入会 参加申し込み 発表申し込み をすませました。薬学会といえば、2003 年の長崎(因縁の長崎) 日本薬学会年会開催一覧 (1944年〜2014年) 公益社団法人日本薬学会 そして、金沢 2018 …

Chrome Remote Desktop

なんでこんなことができるのか最初は理解できなかった。Firewall とかどうなってるんだろう。どうしてあっさり「職場」の PC にアクセスできるんだろう? 答えは簡単で、Google のサーバを介しているから、なのだ。リモートの PC が Google サーバと同期する…

セミナー前日

久しぶりに「出張」してきた。2 月にここに来て以来、出張をしていなかった。この町はほとんど変わっていない。何もないという点で変わっていない。 今回はすべてコンビニの食事にする予定。9 食だ。500 円 x 9 = 4,500 円が目標です。 オンラインセミナー、…

オンライン学会

どうしてこんなに質問が出ないかなあ。例年、もっと質問があるのに。座長が大変すぎる。まあ、私が座長を担当したところでは、元々自分の質問もあったのでどうにかなったが、他の人は大変だったろうなあ。

必要書類全部そろった!

最初の大きなハードルを越えました。ふう。

一人打ち上げ

論文アクセプトのお祝いとして一人打ち上げしました。スーパーで 350cc x2 を買って、お惣菜を買って、公園のベンチでいただきました。¥440 なり。 久しぶりのアルコールで、たったそれだけの量なのにぐったりしてしまいました。おいしかったのは最初の一口…

オンライン集中講義

5/7 コマ終えました。座り続けて講義するのもつかれますね。 オンラインだと相手の反応が見えないのがつらい。できてるのか、まだなのか、大きく反応してほしいと思う。(ま、それが日本人の一般的反応というもの) また、「そこをクリックして」の場所を示…

Accepted !!

めでたい!

論理的

論理的に話す、論理的に書く、論理的に発表する。それって難しいねえ。いや、難しいねえ、といってる場合ではなくて、論理的にアウトプットできるように常に意識してないといかん。少し油断するとすぐに自分の思い込みで論理が飛んでしまう。そうならないよ…

論理的

論理的に話す、論理的に書く、論理的に発表する。それって難しいねえ。いや、難しいねえ、といってる場合ではなくて、論理的にアウトプットできるように常に意識してないといかん。少し油断するとすぐに自分の思い込みで論理が飛んでしまう。そうならないよ…

-2LL とか AIC とか BIC とか

Monolix で計算したこれらの値がどうも安定しない。乱数を使った計算なのだからブレがあるのは当然だとしても、それにしてもそのブレ幅が大きすぎる。モデルがそもそも安定していないということなのだろうか。 シンプルな PPK model で試してみたところ、ち…

PBPK-PD

pubmed.ncbi.nlm.nih.gov(PB)PK のことは一生懸命、丁寧に書いてあるのだが、肝心の PD は実に適当だ。併用時の PD を予測するのが目的だったはずなのに、そこは適当にお茶を濁されてる感じ。最後の最後で pazopanib 併用時ではなく(PBPK の中の人たちにと…

今日は shiny

今日は mlxR ライブラリの shinymlx() を使って shiny app を作った。Shiny って自分で書くのはとても面倒であまりやりたくなかったのだが、shinymlx を使うととても楽ちんだ。しかし、その分、自分なりのカスタマイズができない、のか、やり方がわからない…

Simulate IT !

Monolix を使ってのシミュレーションをした。正確には、simulx ライブラリを使っている。やり方がだいぶわかってきた。しかし、これは、R のスキルが相当必要ですよ。気楽に人に薦められない。

Monolix の自動運転

Sycomore を使って共変量モデル探索のための 20 models を一括自動進行してみます。楽ちんだなあ。基本的にテキストファイル(とフォルダ)を編集しているだけだから、ソフトが軽い。これがストレスを低くしている最大の要因だ。

今日はお留守番、そして Monolix

Monolix の理解がかなり進みました。SAEM の動きはまだ理解し切れていないけれど。 また、ある一つのパラメータだけ SE が計算されない、ってことがあるんですね。不思議だなあ。勉強しなければ。

今日は Jackknife

だって、SE が計算できないのですよ。どうやっても計算できない。 Monolix でも計算できないのだから重症だ。 n が小さいから bootstrap もおかしい。 まあ、だからと言って、Jackknife は少数でもいいか、というものでもないけれど。

チェック、チェック、チェック

Revise 投稿へむけた最終チェックをする。どんなにチェックをしても新たなミスが見つかる。100% 完璧、ノーミス、を目指してはいるけれども、それはやっぱり無理ですよねえ。3 人くらいがチェックする必要があるように思う。一人の目では限界かもしれない。

Monolix

Monolix で本格的なモデル解析を始めることになりました。計算がかなり速いことに驚いています。EM 同士で比較しても他のソフトより速いなあ。なぜだろう。 細かいシミュレーションをすると起動するか、とか、VPC の微調整をしたい、とかいくつか課題はあり…

出勤して一人で仕事

部屋の留守番当番での出勤でした。 ミニスピーカーを持ち込んで、ずっとクラシック音楽を流しながら、仕事をした。とても快適だった。