車輪を発明する

ファーマコメトリクス・モデリング研究所

2020-05-01から1ヶ月間の記事一覧

体調悪い週末

本をゆっくり読んで体調回復に努めた。週末でよかった。「百学連環」を読む作者:山本貴光発売日: 2016/08/12メディア: Kindle版この本を読み始めた。資料・文献を精読することは大事だなあ。

論文で議論すること

そこにこそ個性があるわけで、 ということは私には個性がないのか?

今日も GOF plots

Final vs Base model の比較をして愕然とするときってあるよね。 あんなに苦労したのに、と。

なおざりとおざなり

VPC や GOF plots の結果に真剣に向き合うべし。 決して、なおざりにすべきではない。 あれ? 決して、おざなりにすべきではない。 後者の方がよさそうですね。「なにもしない、なおざり」ではなく、「いい加減に、適当に、『する』」のがおざなり。 等閑を…

VPC 大事です

査読者に教えられる日々。まあ、情けないことで。 そうやって見なければいけないよなあ、と学びました。

SIR のための尤度計算

多数の条件(パラメータ値)それぞれで尤度を計算して出力するために by 変数でループをまわす必要がある。これが大変だ。

dOFV ってやつ

これも SIR なのでやってみた。 単純なんだ。でも、実効性のある結果を出すためには大量の計算が必要になる。今のシステムでは取り扱いきれないんだな。

粒子フィルタ

今日は粒子フィルタの勉強を始めました。 時系列分析、状態空間モデル、初めてです。言葉に慣れない。 状態を「推定する」ことに目がくらんでしまって、肝心の「パラメータ推定」がどこかに行ってしまう。 例題をよく見ると「パラメータは既知とする」とかあ…

MATLAB 関数で MH sampling

MATLAB の組み込み関数 mhsample jp.mathworks.com を使ってみた。目標分布や提案分布の引数を一つしかとれないのが制限きついなあ。データとか、提案分布のパラメータを global で渡すしかないのだろうか。かっこ悪いね。 尤度や提案分布の関数をどうせ自分…

新しいプログラミング言語を学ぶ(ことと英語を学ぶことと)

新しいプログラミング言語に取り組んでいます。といっても、MATLAB なんですが。ずいぶん以前に少しだけ使っていましたが、再開です。行列の扱い方が Python と(というか Numpy と)結構似ていて、その点では楽。しかし細かいところは当然違うので、一行一…

GW 中の成果

Python の勘を取り戻した。 MCMC を自分で書けるようになった。 MH HMC. HMC は微分が必要になる。数値微分しかできない(自分のスキルでは)。変量効果が入るとそのパラメータ毎に数値微分が必要になるため、計算時間がおそろしくかかる。事実上、非実用的…