開発の助けになる 意思決定の助けになる 薬物治療成績の向上に寄与する 患者の個別治療に役立つそういった目的は頭に置いた上で、そもそも、そのモデルで何が言いたいのかを考える。 モデルでなくても言えることなんじゃないだろうか、と自省してみる。もち…

確かに私は、POC を確認することに（のみ）興味があるのだな。 POC といっても、計算やモデルのコンセプトに関するものです。飽き性、とか言わないで。

「多重共線性に気をつけるように」と散々脅されて、みんな、臆病になってるんじゃないかな。 あるいは、そう言われているのをいいことに、自分で考えることを放棄している。「そう注意されているから検討しませんでした」と。そうすれば、間違ったことをして…

ルールがあるところと、「ルールがない」のがルールになっている部分とがある。ルールとしてあげる手順は、一般的には厳守すべきである。しかし、「ルールがない」ところにまで、「どこかで誰かが言っていた（どこで誰が、とは特定されないのが問題）」ルー…

プログラムを書く、run (execute) する。エラーが出る。 さて、ここの対応が難しいんですよね。特に、「初心者」の場合。 エラーの原因はいくつかあります。 プログラムが間違っている データ構造が間違っている 初期値が適切でない そもそも、そのデータに…

最尤法では（対数）尤度が最大になる地点を探す。とはいうものの、実際の計算では最大になるところではなく、傾きがゼロになる地点を探している。傾きがゼロになると尤度が変化しない、その地点に達したら収束と判定しているのだ。 従って、変量効果分散が実…

Rejection sampling ってこんなに効率悪かったかなあ。正規 + 正規の簡単なモデルなんだけどなあ。非線形だけれどもさ。これを、Metropolis-Hastings や HMC なんかの MCMC にしても、収束は遅いのかもしれない。チューニングしなさいってことです。それを半…

VPC 大流行ですね。でも、その真価をちゃんと理解して、みなさんは使っているのでしょうか。私自身はそこまで利用し切れていない、と断言します（恥）。 私はそもそも視覚認識が得意ではない。そのくせ、大昔は、多次元 NMR のチャートを眼で認識してピーク…

尤度関数は自分で定義するし、事前分布も自分で仮定する。 それぞれからのサンプルを乱数で得ることも可能（簡単）だ。一方で、事後分布は、尤度関数と事前分布の積に比例することまでは簡単にわかる。計算もできる。しかしその比例係数の計算が簡単ではない…

確かに原理的には「すべての」変量効果（= 個体間変動）間には相関があるでしょう。完全に独立、なんてありえない。 しかし、それがデータから推定できるかどうかは別ですね。無理に相関を考慮すると、よく発生するのが「相関係数がほぼ 1 と推定された」と…

R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data作者: Hadley Wickham,Garrett Grolemund出版社/メーカー: O'Reilly Media発売日: 2017/01/05メディア: ペーパーバックこの商品を含むブログを見るit's usually cheaper to buy more…

思い入れもあって、僕はこれが一番好きです。モデルの安定性がすぐわかる。安定性、というか、そのモデルを信頼していいものなのかどうか、その感触がわかる。「感触」だなんて職人みたいな言葉遣いではなく、サイエンスの言葉で語るべきなのだけれども、そ…

パラメータ推定に関しては、どれも結局のところ、対数尤度を書いて、それを最大化する計算をするだけなので、個別のテクニックはいらない。もちろん、それぞれの分布を書ける必要はあります。一方で、モデルの評価となるとどれも難しい。ポアソンはまだまし…

論文に掲載されている図もしくは表を、論文に記載されている結果のみから再現することは可能か。 つまり、モデル式、パラメータに関する情報は必要十分に載っているかどうか。 もちろん、患者背景の細かな分布がわからない限り、結果を「完全に」（は無理に…

このモデルとこのパラメータからではこの図はありえないんじゃないかなあ。 時間軸が間違っているのか、パラメータが二桁ぐらい間違っているのか、いや 3 桁まるごと間違っているのか。 この図以外はすんなり理解できるのに。 この author(s) だから信用して…

パラメータ推定には誤差がある。推定誤差がある。その推定値はたまたま得られたあるデータ（のみ）に基づいて計算されたものだ。 その推定値は決して「真値」ではない。 よく言われることだが、仮にもう一度同じ試験をしてデータを取ったとしたならば、必ず…