今日は mlxR ライブラリの shinymlx() を使って shiny app を作った。Shiny って自分で書くのはとても面倒であまりやりたくなかったのだが、shinymlx を使うととても楽ちんだ。しかし、その分、自分なりのカスタマイズができない、のか、やり方がわからない…

Monolix を使ってのシミュレーションをした。正確には、simulx ライブラリを使っている。やり方がだいぶわかってきた。しかし、これは、R のスキルが相当必要ですよ。気楽に人に薦められない。

Sycomore を使って共変量モデル探索のための 20 models を一括自動進行してみます。楽ちんだなあ。基本的にテキストファイル（とフォルダ）を編集しているだけだから、ソフトが軽い。これがストレスを低くしている最大の要因だ。

Monolix の理解がかなり進みました。SAEM の動きはまだ理解し切れていないけれど。 また、ある一つのパラメータだけ SE が計算されない、ってことがあるんですね。不思議だなあ。勉強しなければ。

だって、SE が計算できないのですよ。どうやっても計算できない。 Monolix でも計算できないのだから重症だ。 n が小さいから bootstrap もおかしい。 まあ、だからと言って、Jackknife は少数でもいいか、というものでもないけれど。

Revise 投稿へむけた最終チェックをする。どんなにチェックをしても新たなミスが見つかる。100% 完璧、ノーミス、を目指してはいるけれども、それはやっぱり無理ですよねえ。3 人くらいがチェックする必要があるように思う。一人の目では限界かもしれない。

Monolix で本格的なモデル解析を始めることになりました。計算がかなり速いことに驚いています。EM 同士で比較しても他のソフトより速いなあ。なぜだろう。 細かいシミュレーションをすると起動するか、とか、VPC の微調整をしたい、とかいくつか課題はあり…

部屋の留守番当番での出勤でした。 ミニスピーカーを持ち込んで、ずっとクラシック音楽を流しながら、仕事をした。とても快適だった。

ひとまず自分のすることとしての区切りはつけました。 解析はしなければなりませんがね。

簡単な（でもなかったけど）PPK モデリングにおいてさえ、まだまだ考えが浅かったと反省する今日一日でした。

手数料 15,000 円取られた。仕方ない。あーあ。 今日も叱られた。あーあ。仕方ない。私の考えが甘かったのだ。

今日は終日かけて論文の proof reading をしました。元原稿の段階でのケアレスミスを二つ見つけました。一箇所は参照番号の間違いで、どうして今まで誰も（私も）気づかなかったのだろうと不思議でならない。もうひとつは見た目の問題にすぎない。 これで無…

こんなに少数例なのに、かつ、例数と同じだけの CPU コアを使っているのに、ひどく計算時間がかかる。時間範囲が、PK は 1 hr 程度、一方の好中球は day ～ week と大きく異なるために微分方程式の数値計算が困難になっているのだろうか。ODE の計算方法とし…

今朝、早朝、最終モデルに辿り着いたと思って一安心して、個別のプロットを作ってみたらデータに違和感を感じた。この最初の採血が点滴終了時間に一致してないなあ。もしかしたら、点滴時間（点滴速度）が間違ってるんじゃないか？ その通りだった。データが…

昨日受領したデータを用いて、今日は PPK 解析に取り組む。少数例だけれども、新しいデータは楽しい。非線形モデルにすると が小さくなってくれてうれしい。 VPC の一致度がよくない。しかしそれは少数例のためだ、とできるだろう。 明日は共変量探索をする…

今日は出勤した。久しぶりに対面での定期ミーティングだった。Dr P の「最終講演」を行い、集合写真を撮った。いい人だった。また会いましょうね。Revision 投稿用の cover letter の下書きを書いた。PPK/PD 解析の新しいデータがやってきて、取り組みを始め…

自分なりに、一通り仕上げた。そして夕方に、提出。 これでずいぶん久しぶりに、自分の側に残っている宿題がない状態になった。（計算は引き続き残っているが） 戻ってくるまでの間を利用して、自分の勉強をしよう。 大学院生が論文紹介で取り上げる論文を予…

午後、査読結果対応の続きにようやく取り組む。図表を追加するので、その番号を振り直すのに気を使う。でも、論文を仕上げるというのは結局のところ、そういう「面倒くさい」作業をこなすということなのだと思う。みんな、この面倒くさい作業をしているのだ…

うれしい。とにかくうれしい。