車輪を発明する

ファーマコメトリクス・モデリング研究所

好中球モデル開始

こんなに少数例なのに、かつ、例数と同じだけの CPU コアを使っているのに、ひどく計算時間がかかる。時間範囲が、PK は 1 hr 程度、一方の好中球は day ~ week と大きく異なるために微分方程式数値計算が困難になっているのだろうか。ODE の計算方法として、今はデフォルトの matrix exponent 法を使っている。Auto-detect や stiff は動かなかった。スタートとともに一瞬でエラーが出て止まった。non-stiff なら動いた。が、matrix 法と同じくらいの時間がかかり、結果も確かほとんど同じだった。この系は stiff な方なのだと思うのだけれど、どうしてこうなるのだろう。
この例数でこんなに時間がかかるのだから、もうひとつの方で激しく大変なのももっともだ。