ひとまず自分のすることとしての区切りはつけました。 解析はしなければなりませんがね。

簡単な（でもなかったけど）PPK モデリングにおいてさえ、まだまだ考えが浅かったと反省する今日一日でした。

手数料 15,000 円取られた。仕方ない。あーあ。 今日も叱られた。あーあ。仕方ない。私の考えが甘かったのだ。

今日は終日かけて論文の proof reading をしました。元原稿の段階でのケアレスミスを二つ見つけました。一箇所は参照番号の間違いで、どうして今まで誰も（私も）気づかなかったのだろうと不思議でならない。もうひとつは見た目の問題にすぎない。 これで無…

こんなに少数例なのに、かつ、例数と同じだけの CPU コアを使っているのに、ひどく計算時間がかかる。時間範囲が、PK は 1 hr 程度、一方の好中球は day ～ week と大きく異なるために微分方程式の数値計算が困難になっているのだろうか。ODE の計算方法とし…

今朝、早朝、最終モデルに辿り着いたと思って一安心して、個別のプロットを作ってみたらデータに違和感を感じた。この最初の採血が点滴終了時間に一致してないなあ。もしかしたら、点滴時間（点滴速度）が間違ってるんじゃないか？ その通りだった。データが…

昨日受領したデータを用いて、今日は PPK 解析に取り組む。少数例だけれども、新しいデータは楽しい。非線形モデルにすると が小さくなってくれてうれしい。 VPC の一致度がよくない。しかしそれは少数例のためだ、とできるだろう。 明日は共変量探索をする…

今日は出勤した。久しぶりに対面での定期ミーティングだった。Dr P の「最終講演」を行い、集合写真を撮った。いい人だった。また会いましょうね。Revision 投稿用の cover letter の下書きを書いた。PPK/PD 解析の新しいデータがやってきて、取り組みを始め…

自分なりに、一通り仕上げた。そして夕方に、提出。 これでずいぶん久しぶりに、自分の側に残っている宿題がない状態になった。（計算は引き続き残っているが） 戻ってくるまでの間を利用して、自分の勉強をしよう。 大学院生が論文紹介で取り上げる論文を予…

午後、査読結果対応の続きにようやく取り組む。図表を追加するので、その番号を振り直すのに気を使う。でも、論文を仕上げるというのは結局のところ、そういう「面倒くさい」作業をこなすということなのだと思う。みんな、この面倒くさい作業をしているのだ…

うれしい。とにかくうれしい。

自分用のワークスペースも以前（3 月に）作って放置してあったので、それも再開した。 テレワークが始まったときに、自分用のメモとして slack を使うのがいい、という記事を web で見て、使ってみようと思ったのだ。

標題の通りです。辞書や図書館で借りた本をたくさん持ち帰ろうと思います。主たる仕事場は自宅になっているので、自宅の方に資料が必要。

まだ売ってるんだ。懐かしいなあ。40 年近く前になるよ。今でも、これを使えば効果的だろうなと思う。でも、¥10,000 もするのか。ちと高い。簡単なヘッドセットとアプリでこの機能は実現できないものかね。（当時もこんな値段で買った [買ってもらった] んだ…

なんとか投稿まで持っていけました。

確率微分方程式に取り組もう。MATLAB でできるかな。

Monolix なるものを始めてみむとす。

本をゆっくり読んで体調回復に努めた。週末でよかった。「百学連環」を読む作者:山本貴光発売日: 2016/08/12メディア: Kindle版この本を読み始めた。資料・文献を精読することは大事だなあ。

そこにこそ個性があるわけで、 ということは私には個性がないのか？

Final vs Base model の比較をして愕然とするときってあるよね。 あんなに苦労したのに、と。

VPC や GOF plots の結果に真剣に向き合うべし。 決して、なおざりにすべきではない。 あれ？ 決して、おざなりにすべきではない。 後者の方がよさそうですね。「なにもしない、なおざり」ではなく、「いい加減に、適当に、『する』」のがおざなり。 等閑を…

査読者に教えられる日々。まあ、情けないことで。 そうやって見なければいけないよなあ、と学びました。

多数の条件（パラメータ値）それぞれで尤度を計算して出力するために by 変数でループをまわす必要がある。これが大変だ。

これも SIR なのでやってみた。 単純なんだ。でも、実効性のある結果を出すためには大量の計算が必要になる。今のシステムでは取り扱いきれないんだな。

今日は粒子フィルタの勉強を始めました。 時系列分析、状態空間モデル、初めてです。言葉に慣れない。 状態を「推定する」ことに目がくらんでしまって、肝心の「パラメータ推定」がどこかに行ってしまう。 例題をよく見ると「パラメータは既知とする」とかあ…

MATLAB の組み込み関数 mhsample jp.mathworks.com を使ってみた。目標分布や提案分布の引数を一つしかとれないのが制限きついなあ。データとか、提案分布のパラメータを global で渡すしかないのだろうか。かっこ悪いね。 尤度や提案分布の関数をどうせ自分…

新しいプログラミング言語に取り組んでいます。といっても、MATLAB なんですが。ずいぶん以前に少しだけ使っていましたが、再開です。行列の扱い方が Python と（というか Numpy と）結構似ていて、その点では楽。しかし細かいところは当然違うので、一行一…

Python の勘を取り戻した。 MCMC を自分で書けるようになった。 MH HMC. HMC は微分が必要になる。数値微分しかできない（自分のスキルでは）。変量効果が入るとそのパラメータ毎に数値微分が必要になるため、計算時間がおそろしくかかる。事実上、非実用的…

なんとかできた。ある一つのブレークスルーの後で、あっさりできた。 eta のサンプリングが難しいなあ。数が多いことも一因である。

また取り組みを始めました。週末プログラマーが目標です。