車輪を発明する

ファーマコメトリクス・モデリング研究所

PyMC3 で ODE model を使ってみる

いや、タイトルに偽りありで、使ってみただけであり、まだ、成功していません。
配列がうまく渡せないようだ。サイズが違うというエラーが出る。

PyMC3 の中から odeint を呼ぶとエラーが出る。
odeint 自体はちゃんと動く。
PyMC3 から解析解の PRED 関数を呼んでもちゃんと動く。
だから、odeint を呼ぶ際に何かしらの操作が行われているのだろう。そこでエラーが出てしまう。
theano を使った自動微分のところだろうか。
まあ確かに、微分方程式が絡んでくると、解析的な微分はできない(と思う。線形モデルならできるのかな?)。
そのため、web にはなんだか特殊な例が出ていたりする。
ckrapu.github.io
docs.pymc.io
この辺を再度勉強してみます。